本学科点既有长达半个世纪的历史积淀，又在工作中不断创新，在长期的研究实践中已经在诸多方面处于国内中西医结合基础研究领域的领先地位。相信在今后进一步加强学术队伍年轻化、提高学历层次、加大经费设备投入的基础上，有望在中西医结合防治眼病研究、肝炎、慢性浅表性胃炎、烧伤、肿瘤、糖尿病等方面对中西医结合基础理论研究形成新的突破，为加强传统与现代、基础学科之间以及基础与临床学科的联系、提高教学质量提供了实验平台和技术条件。近五年来（2003年1月～2007年7月），中西医结合系教师承担各级科研课题71项，其中省厅级课题34项，在国内外CN刊物上第一作者署名发表论文136篇。2003年获福建省科技进步三等奖3项；2004年获福建省科技进步三等奖1项； 2006年获中国中西医结合学会科学技术奖二等奖1项，2006年获海南省科学技术三等奖1项，病理生理学实验室成为国家中管局三级等级实验室；2006年第七届福建省自然科学优秀学术论文二等奖1项，三等奖3项，2003-2005年度福州市科学技术优秀论文一等奖、二等奖各1项。